Заводот и Музеј е формиран во 1950 год. како градска институција, а во 1955 год. прерасна во Музеј на штипскиот крај. Заводот и Музеј поседува повеќе збирки и фондови од областа на археологијата, етнологијата, историјата, историјата на уметноста и современата македонска уметност. Тежиштето на активностите на Заводот и Музеј е насочено кон:

• Истражувачки работи и набавка на музејски материјал;
• Стручно - музеолошка обработка;
• Заштита на материјалот и културно - историските споменици;
• Културно - образовна и воспитна дејност.

Заводот и Музеј презема активности за одржување на Галеријата на икони во црквата Свети Никола,  истражување и делумна реконструкција на античкиот град Баргала и археолошки ископувања.

Како резултат на ваквите активности на локалитетот Грнчарица во близина на селото Крупиште беше откриена ранонеолитска населба. При работа на хидросистемот Злетовица беа откриени предмети и керамика што датираат од времето на неолитот, околу 6000 години п.н.е. Утврдено е дека на локалитетот се констатирани два културни хоризонта од кој едниот од II - III век по Христа, а вториот културен хоризонт му припаѓа на неолитот. Малку подалеку е откриен каменот на кој првата организирана човечка заедница на македонска територија од кремен ги изработувала орудијата за живот. Врз основа на движниот археолошки материјал, откриената населба претставува најстара неолитска населба во Република Македонија. На истата локација беше откриен скелетот, кој го доби уметничкото име Славе Македонски. Според анализата на коските на Универзитетот во Глазгов во Шкотска, скелетот датира од 7745 год. што го прави еден од најстарите скелети во Југоисточна Европа. Во Заводот и Музеј во Штип може да се посетат историски постановки на вредни експонати (керамика, бронза, сребро, монети и слично) пронајдени во изминатиот период.

Во музејскиот комплекс Аневи - Гочеви е поставена арехолошка поставка со над 1200 експонати. Можат да се видат археолошки предмети од време на неолитот па се до 18 век. Од неолитот (6200-3500 г.п.н.е) можат да се видат материјали од неолитските наслеби: Барутница (Амзабегово), Руг Баир (с. Горабинци), Вршник (Таринци) и други.

Од енеолитот (3500 - 2000г. п.н.е) застапени се археолошки материјали од Пилово (Бурилчево).

Забележливи се и важни експонати од праисторијата од локалитетите Баби, Фортуна, Криви Дол и Караорман додека римскиот период (2 до 4 век п.н.е) е застапен со Кнежевска Могила од село Таринци и гробницата кај село Црвулево.

Арехолошката поставка изобилува и со предмети од средновековниот период (7 до 14 век) а за љубителите на нумизматиката презентирана е богата серија на монети кои датираат во периодот помеѓу 4 век п.н.е па се до 20 - ти век.